Восстановление кристала из PDB файла

1. Описание взаимодействия сапосина А с белками из соседних ячеек

Поле CRYST1 в pdb файле:
CRYST1 45.680 50.040 33.820 90.00 90.00 90.00 P 21 21 2 4

• Длины направляющих векторов: 45.68, 50.04, 33.82 Å
• Углы между ними: 90, 90, 90 градусов
• Кристаллографическая группа данного кристалла - 21 21 2
• Число молекул в асимметрической ячейке - 4

Рис.1. Асимметрическая ячейка. Желтым выделен мономер из PDB файла, голубым - достроенные мономеры на расстоянии не более 2.5 Å от основного мономера.

Рис.2. Изображение части кристалла.

Рис.3. Изображение той же части кристалла с другого ракурса

Всего было обнаружено 10 водородных связей (Рис.4). Программа устроена так, что если расстояние между атомами согласуется с заявленными, то для одного атома водорода могут быть изображены сразу две связи. При расчете для каждой такой пары учитывалась только одна связь.

Рис.4. Водородные связи между молекулами из асимметрической ячейки (выделены зеленым)

Данный белок иногда может образовывать димер. Вторая субъединица полностью согласуется с одной из молекул асимметрической ячейки. В димере всего две водородные связи, столько же между основным белком и молекулой из асимметрической ячейки.

2. Странное расположение белковых цепей в структуре ДНК-белкового комплекса

Для работы была выбрана структура 3hdd (Рис.5).

Рис.5. Изображение структуры 3hdd.

Странным выглядит расположение В субъединицы белка, свисающей с конца молекулы ДНК. Но при рассмотрении восстановленной рядом ячейки оказывается (Рис.6), что это был только участок молекулы ДНК, и что на самом деле субъединица В расположена как раз на этой молекуле.

Рис.6. Восстановление соседней ячейки структуры 3hdd.

3. Примеры файлов, у которых асимметрическая единица не совпадает с биологической

Рис.7. Структура 6MVY, биологическая субъединица (тетрамер)

Рис.8. Структура 6MVY, асимметрическая субъединица (димер)

Рис.9. Структура 6DWX, биологическая субъединица (мономер)

Рис.8. Структура 6DWX, асимметрическая субъединица (тример)